Рекомендуется принимать как укрепляющее и успокоительное средство, обладающее мочегонным и потогонным действием. Его используют при лечении диспепсии, поносов, заболеваний желудка и кишечника, воспалительных процессов в почках и мочевыводящих путях, почечнокаменной болезни, ночном недержании мочи, ночных поллюциях, гинекологических воспалительных заболеваниях, а также при малярии, для регуляции менструального цикла и стимуляции лактации, как противоглистное средство. Свежий сок тысячелистника обыкновенного, вместе с медом с медом, принимают для улучшения аппетита, при туберкулезе, анемии, заболеваниях печени, сопровождаемых желтухой.
Тысячелистник употребляют внутрь при головокружении, тошноте, головной боли, бессоннице, истерии, артритах, невралгиях. Ванны с отваром тысячелистника назначают при чесотке и чешуйчатом лишае. Отваром цветков умываются для устранения угрей.